波哥大的原住民历史最早可以追溯到一万多年前，还有过穆伊斯卡联盟这样辉煌的过往，不过现在的波哥大城依然是在十六世纪西班牙殖民者建立的圣菲市的基础上发展而来。

由于定居率和地区影响力不断上升，西班牙人于1717年宣布波哥大为新格拉纳达总督区的首府。十九世纪初，波哥大成为共和革命的中心。西班牙被拿破仑军队击败后，新格林纳达王国的最高军政府接管了该城。在拉美独立战争期间，这座城市在保皇党和革命党之间屡次易手，但最终为了纪念穆伊斯卡人而更名波哥大，新生的哥伦比亚国家也将此城定为首都。

自独立一个世纪多以来，波哥大目睹了许多动荡和变乱。这座城市仍在从1948年波哥大暴动和随后席卷了整个哥伦比亚的内战中恢复过来。然而，这座城市的居民仍然对它抱有信心，“南美雅典”也将继续前进。